主要职责
　　（一）统一管理水资源（含空中水、地下水），合理开发利用和保护水资源。按照有关水法律、法规和标准，拟定水资源保护规划；负责城区防洪；组织水功能区的划分和水域排污控制，监测地表水、地下水的水量、水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。
　　（二）组织拟定全县水长期供求计划；组织有关国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作拟定节约用水计划，编制节约用水规划，制定有关标准，组织和指导全县的节约用水工作。
　　（三）组织指导全县水利建设的综合考察和规划设计以及水利工程的施工与管理；负责对县境内水利设施、骨干河道及其岸线的保护管理和开发治理；编制和拟定县境内大中型水利基建项目建议书和可行性报告；组织有关水利的科学研究和技术推广。
　　（四）依据有关水法律、法规，组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；依法进行水政监察和水行政执法，查处违章、违法水事案件和协调处理有关水事纠纷。
　　（五）组织全县水土保持工作，研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的综合防治。
　　（六）承担商河县防汛抗旱指挥部的日常工作，组织、协调、指导全县防汛工作，对骨干河道和重要水利工程实施防汛抗旱调度。
　　（七）指导全县农村水利工作，组织协调农田水利基本建设和乡镇供水工作。
　　（八）承办县政府交办的其他事项。

　　机构设置及职能
　　（一）党政办公室（行政办公室、政工科、党委办公室合署办公）：
　　 1、搞好政务服务，做好综合协调，组织机关日常工作；承办文秘档案、政务信息、安全保卫、后勤保障、会议组织、宣传和信访工作；负责机关内部规章制度建设。
　　 2、承办局机关及下属单位的人事档案管理、劳动工资、养老保险统筹和职称审报工作；承办直属单位的局管干部的管理和调配任免有关手续办理事宜；组织局管干部职工的学习培训；负责做好老干部的服务工作；负责做好党委办的有关工作。
　　（二）财务科：负责局机关及直属单位的财务管理与监督，完成各项财政上缴任务；负责对局直属单位的财务进行内部审计；编制和执行财务计划、预算，搞好经济核算，做好帐务处理；编制会计报表，进行财务分析，提供数据分析；负责工资发放及有关事业收费的货币结算。
　　（三）水资源管理办公室；依法对全水资（空中水、地下水、地表水）实行统一管理；负责拟定全县水资源的规划、水长期供求计划和水量分配方案；负责全县取水许可制度的组织实施和水资源费的征收和管理；负责全县计划用水管理工作，审批用水单位用水计划，拟定节约用水规划、标准（包括县城规划区范围内地下水凿井审批、节约用水、开发保护和发放取水许可证、征收水资源等水资源管理）；负责全县水资源保护工作，组织水功能区的划分和水域排污控制，监测地表水、地下水的水量、水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；组织国民经济总体规划、负责全县客水资源的引进和调度工作，并组织实施。
　　（四）河道管理站：落实《中华人民共和国河道管理条例》，负责对过境及县境内十五条大中型河道及其建筑物，进行管理、经营及维修。
　　（五）农水管理站：负责全县水文井点的观测、计录、上报，对农田机井进行清洗、建设、维修等管理工作。为农村水利建设提供技术支持与管理保障，研究农村水利政策法负责农村水利工程规划、勘测设计、建设管理、农村水利技术开发、新技术示范推广、人员培训。
　　（六）设计室：负责实施全县水利设计、勘测、规划、绘图及工程预算等工作。负责水利工程设计、工程总承包、咨询监理、技术服务。
　　（七）桥涵工程处：承担县内大中型水利工程、民建工程建筑物的施工，做好水利工程配套工作。
　　（八）清淤工程处：负责承担县境内外河流渠道的机械清淤工程。
　　（九）预制厂：配合全县农田水利及公路建设，提供水泥预制件。
　　另外，商河县防汛抗旱指挥部办公室设在水利局（正科级单位），其主要职能是：组织全县防汛工作，承办防汛抗旱指挥部的日常工作；制定防洪预案，通报汛情、雨情、灾情；按照防汛抗旱指挥部的指示，对县境内骨干河道和重要水利设施实施防汛抗旱调度。